本实用新型提出了一种禽舍微生物取样器，包括取样器本体，取样器本体内均布有若干个相互平行的样本腔，每一样本腔内部的一端均固定有一呈漏斗形状设置的固定块，每一固定块的内侧壁上均设置有一浸润有水液体营养液的海绵块，每一海绵块均呈环形固定于对应固定块的内侧壁上，每一样本腔的两端均分别螺纹固定有一第一密封盖和一第二密封盖，每一样本腔的外侧均转动安装有一用于取样的铲板，每一铲板上均设置有一折叠机构，取样器本体远离铲板的一端固定有一手持架，本实用新型在取样器内设置有多个样本腔，解决了一个取样器只能存放一个样本的问题，同时避免出现每个禽舍内取到的样本被弄混的情况，具有操作简单、检测结果准确的特点。